论文：http://arxiv.org/abs/2310.02391
源码：https://github.com/dreamfold/foldflow
license：CC BY-NC-SA 4.0

FoldFlow算法是一种针对$\text{SE(3)}^N$分布定制的连续归一化流。算法通过条件流匹配（Conditional Flow Matching，CFM）来实现最优路径的学习。每个残基在空间中各种可能刚性分布构成一个SE(3)群，算法正是从N个残基的SE(3)中寻找一种合理的分布。

本文是对抗体/蛋白设计算法的汇总。根据算法的特点共性，设置以下字段：

• 名称
• 序列类型
  • 普通蛋白
    • peptide
    • mini protein
    • antigen
  • 抗体
    • nanobody
    • mAb
    • scFv
    • CDR
    • other antibody

论文名称：《Retrieval Augmented Diffusion Model for Structure-informed Antibody Design and Optimization》

论文亮点：利用MASTER算法，通过输入给定CDR骨架结构，检索PDB得到相似的CDR fragment数据，从而增强序列设计的能力。

论文缺点：检索增强的PDB可能搜到原始数据，因此存在数据泄露风险。对未能检索groud truth的数据性能较差。

论文代码：暂无开源信息。

Chroma是Generate Bio开发一款蛋白设计算法，可以支持做骨架设计和序列设计。与Baker团队开发的RFdiffusion有一定相似之处。

开源代码: https://github.com/generatebio/chroma

论文地址：Illuminating protein space with a programmable generative model

这篇文章pipeline的核心工具是colabdesign（Sergey Ovchinnikov团队研发，故而Sergey作为BindCraft的共同通讯），利用colabdesign提供的afdesign模块和proteinMPNN模块，进行binder design。

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.30.615802

代码链接：https://github.com/martinpacesa/BindCraft

算法部署

一、高斯混合模型

对一一组没有任何干扰差异的样本，其特征分布从统计学来说只受随机因素影响，服从单一分布。经典的单一分布就是高斯分布：

一、概述

微软的windows系统内置了远程桌面功能，可以让用户像访问本地电脑一样访问局域网内的远程电脑。相比于teamview等第三方远程桌面服务，具有以下独特优势：

• windows内置系统服务，开机自动运行，无需解锁登录。
• windows原生产品，无需额外安装。
• 与系统深度融合，远程与本地的资源共享便利。

一、远程桌面概述

windows自带的远程桌面（remote destop）服务能够让用户便利的远程控制电脑。因为是微软的系统服务，与市面上的一些第三方远程桌面工具如teamviewer、向日葵和rustdesk等相比，具有独特的使用优势。其基本要求如下：

• 远程电脑Windows 10/11专业版及以上
• 远程电脑防火墙开放远程控制端口3389
• 本地电脑可以连同远程电脑，即在相同局域网内，且知道远程电脑IP
  用户可以在系统设置中开启远程桌面功能。同时用户可以通过下列命令修改远程桌面默认端口，例如使用3390。

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  # 修改远程桌面端口 Set-ItemProperty -Path 'HKLM:\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\WinStations\RDP-Tcp' -name "PortNumber" -Value 3390; # 删除旧的进站规则 Remove-NetFirewallRule -DisplayName 'RDPPORT'; # 修改防火墙进站规则给新端口放行 New-NetFirewallRule -DisplayName 'RDPPORT' -Profile 'Any' -Direction Inbound -Action Allow -Protocol TCP -LocalPort 3390 -RemotePort Any -Enabled True;

  然后就可以通过内置应用“远程桌面连接”来连接目标电脑。其他RDP细节问题本文不做介绍，本文目的在于介绍内网穿透配合RDP实现跨局域网访问。

gitbook基础

gitbook是一个电子书构建工具，这是它的help文档。可以在gitbook在线编写，也可以按照规范使用gitbook-cli。注意它和git没什么关系。就像java和Javascript一样。可以参考git电子书的样式。

安装gitbook

1

npm install gitbook-cli -g

创建gitbook

和vue-cli等脚手架类似，可以创建一个基础项目。

1

gitbook init project-name

构建gitbook

和hexo很像。

1
2

gitbook build
gitbook serve

一、Maven概述

Maven是Apache开源基金会旗下孵化的一个包管理器，在java开发中有着广泛的应用。java开发者开发了大量的jar包形成了java开发的生态。和Python的pip和conda一样，maven负责安装与管理这些第三方库。

maven安装

比较容易，主要是以下几步

• 去官网下载
• 解压到你的安装目录（即为免安装版本）
• 配置该安装目录为MAVEN_HOME环境变量
• 同时将%MAVEN_HOME%\bin追加到PATH环境变量，如果是Linux，则为$MAVEN_HOME/bin。